DNA-Sequenzanalyse
Eine DNA-Sequenzanalyse ist in der Molekularbiologie und Bioinformatik
die meist automatisierte, computergestützte Bestimmung der Abfolge und Position von charakteristischen Abschnitten, insbesondere Genen, in einem DNA-Strang. Die Resultate dieser Tätigkeit werden auch Annotationen genannt, wobei sich die Sequenzanalyse nicht nur auf Annonationsmethoden beschränkt.
Die Analyse von DNA-Sequenzen wurde durch die Verfügbarkeit großer genomischer Datenmengen und der Notwendigkeit ihrer Interpretation bedingt.
Viele der für DNA-Sequenzen entwickelten Methoden lassen sich auch genauso oder mit geringfügigen Modifikationen auf Aminosäuresequenzen, also die Primärstruktur von Proteinen anwenden. Die Methoden, die zum überwiegenden Teil den so genannten Stringalgorithmen zuzurechnen sind, lassen sich -bei Vernachlässigung der Biologie-spezifischen Einschränkungen- sogar auf beliebige Symbolsequenzen übertragen.
Sequenzanalysen können durch folgende Probleme motiviert werden:
- Bei der Sequenzierung eines Genoms fallen Daten in Form von tausenden relativ kurzer Sequenzen an: Wie setzt man diese zusammen?
- Analoge Gene, Gene also, deren Proteinprodukte ähnliche Funktionen haben, können in verschiedenen Arten ähnliche Muster aufweisen; homologe Gene können sich im Laufe der Evolution auseinanderentwickeln: Kann man unbekannte Gene im Menschen durch Kenntnis der homologen Gene in der Maus auffinden? Wie weit sind die Organismen genetisch voneinander getrennt? Wieviel Zeit ist seit ihrer Trennung im Stammbaum vergangen?
- Introns und Exons weisen unterschiedliche Muster und Statistiken auf, Gen-Kontrollregionen sind oft stark konserviert: Lassen sich diese Bereiche allein durch Mustervergleiche und statistische Analyse der n-Tupel-Häufigkeiten automatisch unterscheiden?
- Ein großer Teil der genomischen DNA besteht aus anscheinend funktionsloser Junk-DNA die durch relativ kurze sehr häufig wiederholte Einheiten (repeats) gekennzeichnet sind: Wie filtert man diese heraus, damit Suchalgorithmen nicht durch falsch positive Ergebnisse falsche oder irreführende Resultate produzieren?
=Algorithmen=
Stringalgorithmen
Eine der häufigsten Problemstellungen ist die Suche nach bestimmten Teilsequenzen in einer Datenbank.
Man kann entweder nach exakten Übereinstimmungen suchen oder nach allen ungefähren Entsprechungen innerhalb einer bestimmten edit distance vom Suchstring.
Im englischen Sprachraum werden diese "Anpassungen" zweier Strings sequence alignments genannt, was wiederum der ganzen Familie von "Alignment"-Algorithmen ihren Namen gab.
Der Begriff setzt sich auch im Deutschen mehr und mehr in unübersetzter Form durch.
Die weitaus bekannteste Realisierung von Alignment ist der BLAST-Algorithmus.
Weblinks:
- caesar.de/english/research/project_groups/pf_academics.htmlwww.caesar.de/english/research/project_groups/pf_academics.html
lectures.molgen.mpg.de/statistik/lectures.molgen.mpg.de/statistik/
Der Ursprungsartikel stammt von der deutschsprachigen Wiki pedia (siehe oben: "Original Artikel & Autoren Liste").
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